2005   novemberében, az   Egy házba zárt közösség („Trapped in the Closet”) című epizódban a készítők a   szcientológiát és annak követőit, többek közt Tom Cruise-t és John Travoltát állították pellengérre. A történet szerint a szcientológia vezetői az egyik főszereplőt, Stan Marsht nevezik meg L. Ron Hubbard, az egyház alapítójának reinkarnációjaként. Amikor Stan nem méltányolja Tom Cruise színészi képességeit, az bezárkózik a fiú szekrényébe és az epizód végéig nem hajlandó kijönni onnan.

A jelenet utalás azokra a feltételezésekre is, mely szerint Cruise meleg, mivel az angol nyelvben a „kijönni a szekrényből” („come out of the closet”) kifejezés egyben a homoszexualitás bevallását is jelenti (lásd Coming out). A cselekmény során egyértelmű utalások történnek arra a kritikára, mely szerint az egyház elsődleges célja az emberek pénzének megszerzése lenne.

A Los Angeles Times által időközben „Closetgate”-nek elkeresztelt ügy tovább folytatódott, amikor a Comedy Central az utolsó pillanatban megakadályozta az epizód március 15-ére tervezett újbóli levetítését. Ekkor sokan arra gyanakodtak, hogy ez Tom Cruise nyomására történt. Elterjedt az a nézet, miszerint a színész megfenyegette a Paramount Pictures társaságot, hogy nem fogja népszerűsíteni legújabb filmjét, a Mission: Impossible III-at, ha mégis műsorra tűzik a vitatott részt (a Paramount és a Comedy Central egyaránt a Viacom tulajdona). Ezt a véleményt egyébként Tom Cruise és a Paramount szóvívője is cáfolta.

A készítők nem törődtek bele a vereségbe és több szcientológia-ellenes honlapon is elérhetővé tették az említett részt. Március 17-én egy gúnyos hangvételű nyilatkozatban kijelentették, hogy „a harc még nem ért véget”. Azóta a Comedy Central több alkalommal is levetítette és a South Park 10. évfordulóján kiadott DVD-n is megjelentette az azóta Emmy-jelölést kapott epizódot.

Séf bácsi eredeti szinkronhangja, az énekes Isaac Hayes (aki a szcientológia követője) 2006. március 13-án váratlanul egy nyilatkozatban bejelentette, hogy otthagyja a műsort, arra hivatkozva, hogy Trey Parker és Matt Stone az utóbbi epizódokban túl messzire ment (noha azt, hogy egyházának kritizálása miatt döntött volna így, közvetlenül nem említette meg). Hayes a következőket írta: „Van helye a szatírának, de eljön az a pont, amikor az véget ér, és helyét mások vallásos hite iránti intolerancia és elfogultság veszi át... A vallási hiedelmek az emberek szemében szent dolgok, melyeket mindenkor tisztelni és becsülni kell”.

Ezt az érvelést Matt Stone képmutatásnak tartotta, mivel Hayes addig egyetlen olyan epizód ellen sem tiltakozott, amely más vallásokat jelenített meg előnytelen módon. Hayes váratlan távozásának pontos okairól több, egymásnak ellentmondó elmélet is megjelent: 2006. március 20-án Roger Friedman, a Fox News munkatársa cikket jelentetett meg, mely szerint a nyilatkozat Hayes nevében készült, de azt nem az énekestől származik, mivel neki januárban agyvérzése volt.

Friedman ezt írta:

„Isaac Hayes nem hagyta ott a South Parkot. A forrásaim szerint ezt valaki megtette helyette... Memphis-i barátaim azt mondták, maga Hayes nem adott ki semmiféle nyilatkozatot a South Parkkal kapcsolatban”.

Az elméletet alátámasztja, hogy egy korábbi interjúban Hayes még azt nyilatkozta, hogy nem ért ugyan egyet a kérdéses epizóddal (mert nem a valóságot tükrözi), de elfogadja a készítők álláspontját. Az énekes 2007-ben távozása elsődleges okának már azt nevezte meg, hogy a sorozat készítői „nem fizettek neki elég pénzt” és „nem voltak vele túl barátságosak”. A szcientológia kritikája – burkoltabb formában – más epizódokban is feltűnik. A Csúcsszuper barátok – Istenségekben David Blaine alapít szektát, mely pénzt kér híveitől, adómentességet követel az államtól és híveit elidegeníti azok szeretteitől – tehát olyan dolgokat tesz, mellyel kritikusai általában a szcientológiát vádolják. A Séf bácsi visszatér című rész már kifejezetten Hayes távozását dolgozza fel. A történet szerint Séf bácsi elhagyja South Parkot és egy olyan klub tagja lesz, mely agymosást hajt rajta végre. Miután az epizód legvégén a szereplő életét veszti, Kyle Broflovski tart gyászbeszédet, melyben emlékeztet; nem Séfet kell okolni a történtekért, hanem az őt megrontó klubot (ezzel egyszerre utalva Isaac Hayes távozás ára és a szcientológia egyházra)